La Colección Toledo antes Colección Jóse F. Gómez alberga más de 100 mil fotografías y fue iniciada en los años 70 por Francisco Toledo. Algunos de los fotógrafos destacados son: Manuel Álvarez Bravo, Lola Álvarez Bravo, Mary Ellen Mark, Graciela Iturbide, Man Ray, Abbas, Henri Cartier-Bresson, Hugo Brehme, Josef Koudelka, Sebastiao Salgado, Nacho López, Pablo Ortiz Monasterio, entre otros. La Colección también alberga los Fondos Roberto Donis, Ignacio Zanabría y Sotero Constantino.

Todos los documentos fotográficos pueden ser consultados por investigadores e instituciones que deseen integrar las obras a exposiciones temporales.